기독교학교교육연구소는 이 땅에 하나님의 교육이 이루어지기를 소망하면서 2006년 2월에 출범하였다. 축복이 아니라 저주와 고통이 되어버린 교육 현실을 향해 애통하는 마음을 품고 기도하며, 진정한 기독교교육을 실천함으로 이를 치유하여 교육의 영역에서 하나님의 나라를 실현하는 비전을 갖고 있다. 기독교학교와 기독교대안학교를 지원하는 연구와 각종 세미나 개최, 그리고 한국교육에 대한 기독교적 대안을 제시하는 학술 및 정책 연구와 출판, 연수 등 기독교교육 활동에 힘쓰고 있다.