본 협의회는 1998년부터 2년여 동안 기도 후 이대복 목사(월간 교회와 이단 발행인 겸 편집인), 양광석 목사(전 예성총회장), 미국 장동섭 목사(사단법인 이단대책연구회 회장), 일본 박미웅 목사(일본 대표 이단전문연구가) 4인이 발기인 되어 1999년 10월 20일, 월간 <교회와 이단> 사무국 회의실에서 창립준비위원회를 구성, 이대복 목사를 창립준비위원장으로 선임하고, 2000년 1월 5일 서울 종로구 종로 5가 한국교회 100주년 기념과 4층 회의실에서 이대복 목사, 양광석 목사, 장동섭 목사, 박미웅 목사 발기인 외 60여명의 연구회원들과 내외 인사들이 참석하여 하나님의 은혜가운데 창립 성총회를 개최하고 초대 회장에 이대복 목사, 상임고문으로 양광성 목사를 추대하였다. 법인 허가는 대표이사로 이대복 외 감사 2인, 이사 5인, 회원 21명으로 2006년 6월 23일 사단법인 설립 허가를 받다. 7년여 동안 50여 교회 및 단체를 상대로, 성경에 비추어 본 개혁주의 신학과 진리와 예수 그리스도 이름으로 이단 사이비 정체를 조사 연구하여 이단 사이비로 규정 의결하고 월간 <교회와 이단>지를 통하여 공개하였다.