J.H.바빙크는 1895년 11월 22일 화란에서 출생하였는데 그의 아버지는 목사이며, 유명한 개혁주의 신학자 헤르만 바빙크와는 숙질간이다. 그는 화란 자유대학에서 신학과 철학을 전공했고 독일 엘랑겐에서도 철학을 연구하였고 자유대학의 박사 논문은 중세 신비주의자 수소(Heinrich Suso)에 관한 것이었으며 심리학도 전공하였다. 학생시절에 SCM(Student Christian Move- Ment)에 참여하였으며 1차 세계대전을 전후하여 지성인들에게 전도하는데 관심을 나타냈다. 그는 1919년부터 인도네시아에서 선교사로 활동하였는데 그의 해박한 동양종교의 지식은 이때 인도네시아에 있는 중국인들과 접촉했기 때문이다. 1930년 일시 귀국하였다가 다시 자바섬에서 선교사로 일하다가 1939년부터 1964년 죽을 때까지 화란 자유 대학 선교학 교수로 일하였다.